Robežas
Kundziņsalas apkaime atrodas Daugavas labajā krastā nedaudz uz Z no Rīgas centrālās daļas un pa sauszemi, izmantojot tiltu savienojumus, tā robežojas ar Sarkandaugavas un Pētersalas-Andrejsalas apkaimēm, bet pa ūdeni tai ir robežas arī ar Vecmīlgrāvja un Voleru apkaimēm. Kundziņsalas apkaimes robežas – Daugava, Mīlgrāvis, Sarkandaugava. Kundziņsalas apkaimes kopējā platība ir 555,4 ha.
Ņemot vērā Kundziņsalas apkaimes ģeogrāfisko novietojumu, kad no visām pusēm to apņem virszemes ūdens objekti, un savienojumi ar citām apkaimēm tai ir tikai pa 2 tiltiem (3, ja ieskaita dzelzceļa savienojumu). Kundziņsala būtu skaidri identificējama kā telpiski vienota teritorija, taču reālo situāciju sarežģī fakts, ka funkcionāli šī apkaime nav vienota un ostas saimnieciskā darbība norisinās pilnīgi nesaistīti ar Kundziņsalas D daļā izvietoto dzīvojamo rajonu. Lielā mērā tas uzskatāms par anklāvu Rīgas brīvostas teritorijā, kuram ir ļoti niecīgs attīstības potenciāls kā dzīvojamam rajonam, ja vēl vairāk tiks intensificēta ostas saimnieciskā darbība.
Ja tiks attīstītas RTP-2006 iestrādātās idejas par visas Kundziņsalas teritorijas pielāgošanu Rīgas brīvostas saimnieciskās darbībai, nodrošinot pašreizējos Kundziņsalas iedzīvotājus ar jauniem mājokļiem citviet pilsētā, tad iznīcinot dzīvojamo rajonu, visa Kundziņsala varēs tikt attīstīta kā telpiski vienota, lai gan monofunkcionāla pilsētas apkaime.
Reljefs
Kundziņsalas teritorija kopumā ir ļoti līdzena. Pārsvarā Kundziņsalas virsma atrodas 0-2 m augstumā v.j.l. Salas Z daļa kopumā ir zemāka, kur tikai atsevišķas vietas pārsniedz 3 m augstumu v.j.l. (augstākais tehnogēnais paugurs 9 m v.j.l). Augstākais reljefs atrodas salas D un R daļā, kur tas pārsvarā ir 1-3 m augstumā v.j.l., atsevišķās vietās sasniedzot 4 m izohipsu. Gar Sarkandaugavas atteku zemas purvainas joslas ar niedrēm aizaugušām šaurām (20-50 m), daļēji aizbērtām dūņainām atteku gultnēm, šaurām pussalām un sīkām saliņām.
Inženierģeoloģija
No inženierģeoloģisko apstākļu viedokļa Kundziņsalas apkaimē raksturīgi tikai sarežģīti vai celtniecībai nelabvēlīgi apstākļi. Visā apkaimes teritorijā gruntsūdeņi atrodas seklāk par 1,5 m, kas tādējādi apgrūtina būvniecību.
Kundziņsalas Z daļa, kā arī piekrastes josla pa visu salas perimetru ir pakļauta vismaz 10% lielam plūdu riskam, bet salas DA daļā, tai skaitā Kundziņsalas dzīvojamā rajona teritorijā, šis plūdu risks pārsniedz 1%. Ņemot vērā šos riskus un plānotās attīstības ieceres, RTP-2006 ir noteikts, ka 34,8% jeb 193,2 ha no Kundziņsalas teritorijas pirms būvniecības uzsākšanas obligāti jāveic teritorijas inženiertehniskā sagatavošana.
Ūdeņi
Virszemes ūdens spoguļa platība Kundziņsalā ir mainīga. Tas ir atkarīgs no sezonas un vējuzplūdiem, jo liela daļa salas piekrastes ir ļoti zema – tas jo īpaši attiecināms uz apkaimes Z daļu starp Kurpnieku un Rutku salām, kur topogrāfiski visbiežāk tiek rādīts ūdens (ka dziļš līcis ar atsevišķām mazākām ūdens lāmām). Gar salas R piekrasti plūst Daugava, kuras platums iepretim Kundziņsalai ir no 450-500 m. Savukārt salu no DA, A un ZA puses apņem Sarkandaugava. Tā ir Daugavas labā atteka ar kopējo garumu 4 km, bet platumu no 100-700 m. Pa Sarkandaugavu noplūst 5-10% Daugavas ūdens. Lielos uzplūdos no jūras puses Sarkandaugavas zemie krasti stipri applūst.
